Optimization criteria and biological process enrichment in homologous multiprotein modules
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
Optimization criteria and biological process enrichment in homologous multiprotein modules.
Biological process enrichment is a widely used metric for evaluating the quality of multiprotein modules. In this study, we examine possible optimization criteria for detecting homologous multiprotein modules and quantify their effects on biological process enrichment. We find that modularity, linear density, and module size are the most important criteria considered, complementary to each othe...
متن کاملModularity Conserved during Evolution: Algorithms and Analysis
Modularity Conserved during Evolution: Algorithms and Analysis by Luqman Hodgkinson Doctor of Philosophy in Computer Science with Designated Emphasis in Computational and Genomic Biology University of California, Berkeley Professor Richard M. Karp, Chair Modularity is a defining feature of biological systems. This dissertation presents our work on the development of algorithms to detect modular...
متن کاملeconomic optimization and energy consumption in tray dryers
دراین پروژه به بررسی مدل سازی خشک کردن مواد غذایی با استفاده از هوای خشک در خشک کن آزمایشگاهی نوع سینی دار پرداخته شده است. برای آنالیز انتقال رطوبت در طی خشک شدن به طریق جابجایی، یک مدل لایه نازک برای انتقال رطوبت، مبتنی بر معادله نفوذ فیک در نظر گفته شده است که شامل انتقال همزمان جرم و انرژی بین فاز جامد و گاز می باشد. پروفایل دما و رطوبت برای سه نوع ماده غذایی شامل سیب زمینی، سیب و موز در طی...
15 صفحه اولQuantification Criteria for Optimization of Modules in OO Design
Minimal coupling and maximal cohesion is one of the ways to reduce effort to understand and maintain software systems. When OO paradigm brought a new design philosophy, then encapsulation mechanisms helped us to achieve that desideration. However, after a decade when this paradigm has emerged as the dominant one, coupling and cohesion only do not seem to be the dominant driving forces when it c...
متن کاملdedekind modules and dimension of modules
در این پایان نامه، در ابتدا برای مدول ها روی دامنه های پروفر شرایط معادل به دست آورده ایم و خواصی از ددکیند مدول ها روی دامنه های پروفر مشخص کرده ایم. در ادامه برای ددکیند مدول های با تولید متناهی روی حلقه های به طور صحیح بسته شرایط معادل به دست آورده ایم و ددکیند مدول های ضربی را مشخص کرده ایم. گزاره هایی در مورد بعد ددکیند مدول ها بیان کرده ایم. در پایان، قضایای lying over و going down را برا...
15 صفحه اولذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Proceedings of the National Academy of Sciences
سال: 2013
ISSN: 0027-8424,1091-6490
DOI: 10.1073/pnas.1308621110